Les herbiers marins
Les trois espèces d'herbiers marins (Zostera nolti, Cymodocea nodosa et Halodule wrighti) constituent un habitat pour de nombreuses espèces et de source de nourriture pour les tortues marines, la flore du PNBA est caractérisée par la présence de la mangrove qui subsiste encore au Cap Timiris et au nord de l’ile Tidra. Elle est constituee d’une formation monospeficique d’Avicennia germinans, assez développée en certains endroits. Au total, il y a quelques 1 400 hectares de mangrove (Avicennia africana) sur des rives vaseuses emergentes, et quelques 1.700 hectares dans des baies sur le continent à l'intérieur du Parc National du Banc d'Arguin. On observe egalement quelques prairies a spartines, Spartina maritima, qui se suituent à la limite extreme sud de sa répartition géographique .Une abondante flore halophile (Arthrocnemum indicum, Nitraria retusa, Sarcocornia perennis, Nucularia perrini, Salvadora persica, Lycium intricatum, Sesuvium portulacastrum et autres Chenopodiales) colonise les cordons dunaires littoraux, les hauts de plages et certaines zones de sebkha. La partie continentale du PNBA est un désert côtier à caractère particulier. Sa flore terrestre est plus complexe que l’on ne pense du fait de l’absence de limites précises et bien définies entre la végétation littorale et celle du continent. Le Cap Tafarit en est un exemple patent : de la mer on passe directement à la végétation continentale après la falaise.